El Dr. Javier Flores realizó su formación como urólogo en el Hospital de León, en la ciudad de León, España. Durante su residencia destacó por su capacidad técnica, su disciplina académica y su marcada pasión por la laparoscopia y la investigación científica. Desarrolló estudios en cáncer de vejiga, trabajo por el cual fue premiado en el Congreso de la Asociación Castellano-Leonesa de Urología en 2015.

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Al finalizar su residencia fue contratado como especialista en Urología en el Hospital de Monforte de Lemos, en Lugo, donde implantó un programa de laparoscopia urológica que recibió el reconocimiento del gremio médico y de la comunidad. En este centro realizó procedimientos de referencia regional, incluyendo la primera prostatectomía laparoscópica del hospital.

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Regresó a Honduras en 2016 con una sólida formación europea y una amplia experiencia quirúrgica tanto como médico residente como especialista en España.

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​Desde su retorno, el Dr. Flores ha sido pionero en el desarrollo de la laparoscopia urológica en el país, estableciendo programas quirúrgicos avanzados en cada uno de los hospitales donde ha ejercido. En el Instituto Hondureño de Seguridad Social (IHSS) de Tegucigalpa y en el Hospital Militar, introdujo y consolidó cirugías laparoscópicas de alta complejidad, incluyendo procedimientos para cáncer de próstata, riñón y vejiga, así como cirugía reconstructiva. Su experiencia y destreza se reflejan en bajas tasas de complicaciones y un alto nivel de satisfacción entre sus pacientes.
 

Ha realizado muchas publicaciones y ponencias en congresos internacionales. En 2019, recibió premiación en el Congreso de la Asociación Urológica Centroamericana (AUCA) por su destacada participación con videos de técnica quirúrgica.  Ese mismo año finalizó estudios de PhD en la  prestigiosa Universidad de Salamanca, España, en que obtuvo la maxima calificación. 

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Además de la laparoscopia, el Dr. Flores ha sido pionero en otras técnicas mínimamente invasivas para el tratamiento de la litiasis urinaria y la hiperplasia prostática benigna obstructiva. Fue también el primero en el país, junto al Dr. Natanael García, en realizar la nefrolitotricia percutánea en posición supina.

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En 2021, llevó a cabo la primera Enucleación Prostática Endoscópica (BIPOLEP) en Honduras, consolidándose nuevamente como pionero nacional en técnicas modernas de manejo de la próstata. Con más de 300 enucleaciones endoscópicas, se posiciona como uno de los urólogos con mayor experiencia en Centroamérica en este tipo de procedimientos. También realiza enucleación endoscópica con láser (HoLEP).

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Actualmente participa en proyectos de desarrollo e implementación de cirugía robótica urológica, con el objetivo de contribuir a su incorporación en Honduras y en la región centroamericana.